甘肃农业大学水利水电工程专业创办于1994年，是甘肃省第一个水利水电工程高等教育专业。2004年开始本科招生，2010年批准为第一批次招生专业，是甘肃农业大学第一个“一本”招生专业。2018年获批水利工程一级学科硕士学位授权点。

水利水电工程专业，立足甘肃和西北地区水资源开发利用条件，面向全国水利水电工程建设，主要培养水库电站工程、跨流域调水工程、农业灌溉工程和乡镇供水工程领域的高级应用型工程技术人才和管理人才，具有鲜明的专业特色和区域优势。专业主要面向甘肃、山西、陕西、湖北、湖南、四川、重庆、云南等西部省（市）招生，年招生110人左右，近四年学生总数409人。至今，已累计培养本专业高级专门人才2000余人。每年有超过20%的同学考取中国农业大学、西北农林科技大学、河海大学、西安理工大学等重点高校的硕士研究生。

本专业拥有一支素质高、能力强、学历、学缘与年龄结构合理的教师队伍。现有专职教师28名，其中教授5人，副教授9人，副高以上职称教师占50%。有博士学位教师占36%，硕士学位以上教师占82%，具有工程背景的比例达到80%以上。

本专业建成了较为完善的校内外实践教学条件。用于本专业教学的实验室有工程测绘与制图实验室、BIM实验室、水力学实验室、土力学与建材实验室、力学实验室、工程结构实验室、水工模型实验室、电站及坝工实验室等。现有实验室的数量、面积和设备台套数能满足专业教学和大学生科研训练项目的需要。此外，专业积极利用省内外优质水利工程资源，现有中国长江三峡集团大学、甘肃省水利水电勘测设计有限公司、刘家峡水电站、甘肃省引大入秦工程管理局、甘肃省景泰川电力提灌工程管理局、甘肃省引洮工程建设管理局、陇南市水利电力勘测设计院等多个校外实践教学基地和科研创新基地。

专业自2004年本科招生以来，受到社会和学生的广泛认可，招生就业状况持续良好，第一志愿报考率和初次就业率多年来位列学校各专业前列。专业以“大土木工程”为基础，突出水利水电工程特色，课程设置合理，适应面宽，毕业生除了在水利行业从事水利水电工程设计、施工或管理工作外，还在铁路、交通、建筑等单位就业。就业单位主要是中水集团、中铁集团、中交集团、中建集团等大型国企及省内水利、建筑企事业单位。

本专业在水利水电能源工程建设、防洪减灾和水资源配置工程、生态水工等方向具有一定优势。目前已形成以“大土木”学科为基础，水利水电工程设计和施工为主、水利工程管理和咨询齐头并进的多个研究方向，工科特色日趋鲜明。